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黑龙江中医药大学创办于1959年，现为黑龙江省重点大学，是国务院学位委员会批准的临床医学博士、硕士专业学位教育试点院校，是“长江学者奖励计划”设置特聘教授岗位的高等院校之一，是国家药品临床研究基地。2004年首批获得教育部本科教学工作水平评估优秀学校，2007年首家通过教育部全国本科中医学专业认证试点工作单位。
学校地处风光秀丽的北国名城哈尔滨市，校园环境优雅，绿树成荫，建筑中西合璧，风格独特，教学主楼和礼堂为典雅的欧式建筑，属国家一级保护建筑;校园内21尊古代著名中医药学家雕像，形成了独具特色的中医药文化园——“大医之路”。
学校下设9个学院、6个附属医院(4个非直属)、1个研究院、16个教学医院和46个实习医院、实习基地。有中医学、中药学、中西医结合医学3个一级学科(16个二级学科)及生药学科,计17个二级学科具有博士学位授予权(列全国同类院校第一位 )，28个学科具有硕士学位授予权(列全国同类院校第一位)。设有中医学、中西医临床医学、针灸推拿学、中药学、药物制剂、制药工程、中药资源与开发、生物技术、护理学、公共事业管理、药学、食品科学与工程、医学美容技术、康复医学、古典文献、应用心理学16个本科专业及12个专业方向招生，涉及医、理、文、工、管等学科门类。现有在校生总数15041人，其中博士研究生214人，硕士研究生1083人，七年制学生1104人，本科生7039人，专科生3228人，成人生2117人，留学生256人。
学校设有中医学、中药学、中西医结合医学3个博士后科研流动站，是国家首批第二类特色专业(中医学)建设点，是国家第一类特色专业(中药学、药物制剂和针灸推拿学)建设点，也是国家首批中药类人才培养模式创新实验区。有国家级重点学科4个(列全国同类院校第一位)、国家中医药管理局重点学科4个、省级重点学科18个;国家中医药管理局重点专科6个;有国家级精品课程7门( 列全国同类院校第一位)，省级精品课程14门，校级精品课程45门;国家实验教学示范中心1个。
学校现有教职工2343人(校本部1061人)。其中教授、副教授及相应职称695人，博士研究生导师79人，硕士研究生导师220人，享受政府特殊津贴人员36人，卫生部有突出贡献中青年专家1人，国家级教学名师1人，全国先进工作者1人，全国优秀教师6人，新世纪百千万人才培养工程国家级人选5人，省优秀中青年专家7人，省名中医28人，长江学者讲座教授1人，龙江学者特聘教授5人。方剂学教学团队、中药化学教学团队被评为省级优秀教学团队。
“十五”期间，学校获国家级教学成果一等奖1项(为全国中医院校迄今唯一)、二等奖4项，省级教学成果11项。学校获首届全国优秀教学研究单位称号。
“十五”以来，学校获得各级各类科研课题1068项，其中国家“973”项目3项、“863”项目1项;获得各级各类奖励270项，其中国家科技进步二等奖6项(列全国同类院校第一位)，中华中医药科技进步一等奖1项，黑龙江省科技进步一等奖4项。
学校建有国家中医药管理局科研(三级)实验室4个，省重点实验室3个，省普通高等学校重点实验室4个。有国家级医疗中心和重点专科5个、省级医疗中心和重点专科6个、省级研究所(中心)3个。在中药血清药物化学研究、方药的药效物质基础研究、天然药物药效物质基础研究方面处于国际先进水平，在针灸作用机理研究和中医药治疗内科、妇科、肾病等重大疾病的临床研究方面处于国内领先水平。
学校组建了“省医药工业校企合作专业委员会”，与多家企业合作，分别成立了黑龙江中医药大学久久药业和“黑龙江明嘉北药萃取技术开发有限公司”等校企联合的科技实业，同时还与透平集团共同成立黑龙江省CO2萃取研究中心，创办了新药安全性评价中心、科技实业总公司等实体。积极贯彻与落实省委、省政府北药开发工作的决策，建立了黑龙江省中药材GAP研究中心，建设北药研究开发重点实验室，建成占地28万平方米的黑龙江中医药大学清河中药材种子种苗繁育基地，并在黑龙江省14个市、县建成中药材GAP示范基地。
学校具有接收外国留学生和港澳台学生学历教育资格，是全国较早在国外办学的中医药院校之一，已同世界上30多个国家和地区的32所医学院校或研究机构开展了教育、医疗、科技合作与交流，培养外国留学生4000多人,接受国外来访学者500多人。多次承办大型国际学术会议，举办三届“中俄药学论坛”。与英国伦敦南岸大学 、哈尔滨师范大学联合创办世界首家中医孔子学院。
